Středověké dějiny hradu jsou spojeny se šlechtickým rodem Bavorů. Přicházejí do Strakonic kolem r. 1200 (to byli ještě komorníky biskupství Olomouckého). V roce 1235 se však mezi svědky na listině Václava I. již objevuje jméno Bavor ze Strakonic. O tom, že Bavorové patřili mezi významné české šlechtické rody, které se těšily velké přízni samotného krále, svědčí i fakt, že vlastnili a používali tzv. jezdeckou pečeť (tj. pečeť zobrazující jezdce na koni). Bavor I. ze Strakonic byl také komorníkem Království českého a správcem Prácheňského kraje.
Vlastní hrad byl založen v první třetině 13. století. Již v roce 1243 daroval Bavor I. a jeho manželka Bolemila část strakonického hradu řádu maltézských rytířů, johanitů. Tento řád byl založen v roce 1048, v období výprav do Svaté země. Krátce po roce 1243 vystavěli johanité mezi kostelem (tehdy ještě sv. Vojtěcha) a hradním palácem křížovou chodbu s ojedinělými cihlovými žebry a nechali ji vyzdobit nástěnnými malbami (I. třetina 14. stol.). Tyto fresky jsou nejranějším cyklem nástěnných maleb severně od Alp a znázorňují učitelskou činnost Krista.
Bavor I. zemřel kolem roku 1260. Ještě za svého života dostal jako odměnu do znaku zavinutou střelu (dnešní erb Bavorů). Jeho syn Bavor II. začal kolem roku 1260 stavbu nového hradního paláce a věže, dnes zvané Rumpál (35 m vysoká, s břitem). Podobnou věž má také hrad Zvíkov, kde byl Bavor II. v letech 1289-94 královským purkrabím. O významu rodu svědčí i sňatek Bavora II. s levobočnou dcerou Přemysla Otakara II. Anežkou. V roce 1359 přechází strakonické panství do rukou Bavora IV. z blatenské větve Bavorů. Vůči johanitům nebyl tak štědrý jako jeho předchůdci. Jeho snaha se zaměřila na Strakonice. V listině z roku 1367, v níž město dostává mimo jiné právo vařit pivo a zákupní právo, se o Strakonicích poprvé píše jako o městě.
Po smrti Bavora IV. v roce 1380 přejal správu panství Zdeněk z Rožmitálu, jako poručník nezletilých dětí Bavora IV., Jana a Břeňka. Ti se ujali správy panství o 14 let později. Hospodařili však velmi špatně. V roce 1402 museli celé panství prodat johanitům.
V roce 1421 se Strakonice staly hlavním sídlem johanitů. Ze svého pražského sídla byli nuceni uprchnout před proticírkevním husitským hnutím. O rozsáhlou přestavbu hradu (renesanční) se zasloužil velkopřevor Jan z Rožmberka. Byl přestavěn hradní kostel, postavena renesanční věž Jelenka a město bylo obehnáno novými hradbami, bylo přistavěno 2. patro hradního paláce.V roce 1618 vypukla třicetiletá válka, která měla dopad i na strakonický hrad. Již v roce 1619 obsadilo hrad vojsko Arnošta z Mansfeldu. O rok později obsadili město císařstí vojáci. K jejich působení ve městě se váže i zpráva o nalezení poškozeného obrazu P. Marie. Tento obraz prý přinesl císařským vítězství v bitvě na Bílé hoře 8. listopadu 1620. Originál obrazu shořel v Římě, jedna z jeho kopií je uložena ve Strakonicích v kostele sv. Prokopa.
V roce 1694 bylo velkopřevorství trvale přestěhováno zpět do Prahy. Tím význam Strakonic začal pomalu upadat. V letech 1714 -1721 velkopřevor Leopold Dubský z Třebomyslic nechal postavit barokní palác a jeho nástupce, Václav Jáchym Čejka z Olbramovic, nechal upravit okolí hradu, u zámku nechal zřídit bažantnici a velkou zahradu s altánem směrem k Bezděkovu.
Vnitřní úprava kostela byla dokončena asi na konci 18. století. Tehdy také, (během josefínských reforem), zmizely náhrobky velkopřevorů.
Na začátku 20. století byly renovovány fasády a nově upravován interiér kostela – byl uspořádán podle požadavků liturgických předpisů II. vatikánského koncilu (1962-64).
15. 7. 2018 byl titul farního kostela přenesen na kostel sv. Markéty a kostel sv. Prokopa se stal kostelem filiálním.
I dnes kostel slouží věřícím a je hojně využíván k bohoslužbám.
V brzké době bude kostel z důvodu revitalizace na několik let uzavřen. Více informací o projektu Revitalizace kostela sv. Prokopa ve Strakonicích najdete zde.
Text byl sestaven s využitím materiálů Ing. arch. Mgr. Bc. Jiřího Kupky, Ph.D.