Naproti kostelu sv. Prokopa, na druhé straně řeky Otavy, stojí městský kostel sv. Markéty. Byl postaven na ostrově mezi hlavním a vedlejším ramenem řeky Otavy. Také proto často trpěl povodněmi (1784, 1890, 2002).
Ačkoli o to měšťané vždy v minulosti usilovali, kostel sv. Markéty byl jmenován kostelem farním až v červenci roku 2018.
Datum vzniku kostela sv. Markéty není přesně znám. Je doložen špitál sv. Markéty, uvedený na listině z roku 1318. U špitálu nepochybně stávala špitální kaple zasvěcená sv. Markétě. Na jejím místě později vznikl kostel. Zakladatelem špitálu byl zřejmě pan Bavor III. nebo jeho bratr Vilém Bavor (obě jejich manželky se jmenovaly Markéty).
Ve 14. století byl u špitálu zřízen hřbitov, užívaný až do 16. století. Od 16. stol. převzal všechny pohřby hřbitov u kostela sv. Václava.
Přestože byl kostel sv. Markéty pod patronátem řádu johanitů, konaly se zde utrakvistické bohoslužby, a to až do doby pobělohorské. Velký počet utrakvistů ve městě a poměrný blahobyt na konci 16. století vedly k přestavbě kostela do dnešní velikosti. Byl postaven strakonickými měšťany v roce 1583, stavbu vedl českobudějovický stavitel vlašského původu Vincenc Vogarelli.
Kostel byl postaven ve stylu pozdní gotiky s četnými renesančními prvky. V roce 1585 byl zvonařem Mikuášem Prachatickým ulit nový zvon sv. Markéta se znakem města. Po dokončení stavby zde byl zrušen hřbitov. Roku 1760 vysvětil strahovský opat Gabriel Václav Kašpar další nový zvon, který se však v kostele nedochoval.
Kostel býval vyzdoben renesančními sgrafity. Na kostelní věži bývala cibulovitá střecha s ochozem a světničkou pro ponocného. Nic z toho se, bohužel, dodnes nedochovalo.
V podstatě od počátku trpěl kostel nejen častými záplavami, ale také závažnými statickými poruchami. S těmi se potýká dodnes. V roce 1995 musel být kostel dokonce kvůli havarijnímu stavu ze dne na den uzavřen. Započaly nákladné opravy, zaměřené hlavně na vysušení kostela a vylepšení statiky.
Roku 2006 byl po 11-ti letech kostel znovu otevřen.
15.6.2018 byl biskupem českobudějovickým na kostel slavnostně přednesen titul farního kostela. Pro prohlédnutí fotografií klikněte zde.
Text byl sestaven s využitím materiálů Ing. arch. Mgr. Bc. Jiřího Kupky, Ph.D.